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使用QuantumCurve绘制分子表面静电势

仅供参考

使用QuantumCurve绘制分子表面静电势

最后更新时间:2025-12-27

1. 输入文件准备

你需要载入含有波函数信息的输入文件,以下为支持的文件类型:

Gaussian产生的.fch或.fchk文件。

ORCA 产生的 .molden 文件(.molden.input 文件也是一样的)。 从 0.1.7 版本开始,支持含有波函数信息的 JSON 文件。

⚠️使用orca_2mkl命令可以将.gbw文件转化为.molden.input文件。

.wfn文件或.multiwfn文件。

2. 绘制分子表面静电势

在本例中我们使用examples/ESP/benzene.molden文件。你可以在上述路径或者github仓库中找到。 载入文件后,选择Analysis中的Electrostatic potential (ESP)即可。其余部分如无必要,不用修改。 点击Run,需要等待一段时间才能看到结果⌛️。现在计算的效率还不够高,还需要优化。 计算完成后关闭Electrostatic potential (ESP)界面。输入文件的路径中会出现一个benzene_ESP.cube文件。 关闭Electrostatic potential (ESP)界面会显示出分子表面静电势的填色图,下图所示。但是这样的图我们往往无法很好的看到颜色的交界。例如此例中我们很难看到红蓝交界。

benzene_esp_fig_1 Fig. 1. 初次载入后的分子表面静电势图

右键-Results-Surface修改箭头所指的两处数值,此例中我们修改为-15和15。保存后就能看到红蓝交界的填色图。

benzene_esp_fig_2 Fig. 2. 设置渲染表面

benzene_esp_fig_3 Fig. 3. 看起来效果更好的分子表面静电势图

如果需要显示局部极大值/极小值同样可以右键-Results-Surface修改。

⚠️注意如果步骤5中没有立即显示出红蓝交界,可以尝试重新载入benzene_ESP.cube文件。

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