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612实验室专用(2025) TOP NEW
创建日期：2025-01-08 最近修改日期：2025-01-08 安装Bohrium CLI（Windows系统） 对于Bohrium CLI我建议在linux环境下使用，Windows系统下某些功能不可用。该文章只是给只熟悉Windows系统的同学使用，你可以在此连接找到官方给予的更多细节。 首先，在任意一个非中文路径文件夹右键选择使用终端打开，如果你右键没有终端，请在键盘上按住Win + R两个键，在弹出的框中输出cmd，并确定。复制粘贴以下代码，然后回车： curl -o install_bohr_windows_wget.bat https://dp-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/bo... Read More
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612实验室专用 TOP NEW
创建日期：2024-08-14 最近修改日期：2025-01-05 手动提交作业 ORCA 6.0.0作业提交命令(仅限我自己编译的)： /orca600/orca_6_0_0_shared_openmpi416/orca <input_file> > <input_file>.out lbg自动化提交作业 1、初始化（只用进行一次） 第一步创建2核心16GB的节点，使用带有ORCA 6.0.0的镜像 使用命令安装lbg pip install lbg 输入账户名称和密码 lbg config account 注意输入密码的时候屏幕不会有任何动静，你需要使用英文输入法 创建一个job文件夹 mkdir job 2、作业与提交 先查看当前路... Read More
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2025年年度计划 TOP NEW
非常高兴活过了2024年，在这篇年末文章中我们对2025要进行的任务做个清单 1. 软件开发方向（年度计划） 1、希望将构思了两年的软件开发提上日程，使用的主要语言为Rust。 2、首个版本将专注于和超算平台的交互；第二个版本将专注于Gaussian/ORCA/CP2K/QE等软件的input文件生成和output文件分析/可视化，核心围绕ORCA和CP2K展开；第三个版本将专注于分子可视化和波函数分析。 2.烂尾方向（季度计划） 1、当前网站存在着几篇烂尾的文章/存在重大错误的文章，希望在2025年第一季度之前做好一些补足。 3.语言学习笔记（季度计划） 1、计划将Rust笔记整理好，我很喜欢Obsidian的展示方式。但通过Obsidian做个站点是要收费的，目前还没有计划好... Read More
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ORCA 6.0.0安装与并行测试 TOP NEW
发布时间：2024-08-13 最后修改时间：2025-01-05 基本镜像信息 ubuntu:22.04-py3.10-cuda12.1 安装流程 下载ORCA，我选择的是动态库版本：orca_6_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi416.tar.xz 下载对应的Open MPI，此例为4.1.6：openmpi-4.1.6.tar.bz2 安装sudo： apt install sudo 安装gcc和gfortran： sudo apt update sudo apt install gcc sudo apt install gfortran 新建一个文件夹，并解压、编译、安装Open MPI: mkdir openmpi4.6.1 c... Read More
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ORCA使用筆記 TOP NEW
ORCA是一個免費的量子化學軟體，強烈建議你在此網站上註冊後下載可執行程式。有時，我也打不開這個網址。如果你是Windows用戶，我還建議你下載Avogadro，以更好的進行可視化。注意，請將這些軟體安裝到你可以找到的地方，否則在某個時刻，你會感無助。Linux用戶通常有較好的動手能力，此文可能對這類型用戶無用。 1.分子結構的優化(opt)和頻率計算(freq) 首先，你需要獲取某些分子的結構文件。我相信，你可以從pubchem上獲取到大多數東西。 1.1 在這個例子中我們嘗試在真空下優化一個水分子的結構，你會發現pubchem提供了一個2D的水分子sdf文件，你猜猜為什麼沒有提供3d的sdf文件呢🤔。將下載好的Structure2D_COMPOUND_... Read More
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Quantum Espresso使用筆記 TOP NEW
Quantum ESPRESSO是一款開源免費的第一性原理程序，你可以在此網站上註冊後下載code。 1. Rocky Linux 7.3 下安裝Quantum ESPRESSO 7.1 安裝OpenMPI 1.1 前往此網站下載openmpi-5.0.2.tar.gz到本地文件夾，在該文件所在位置打開控制台。我的文件保存位置為: /home/apple/app 你可以使用pwd命令查看當前文件所處位置，根據你的實際情況自行更改以下命令： pwd #查看文件所在位置 tar -xzvf openmpi-5.0.2.tar.gz #解壓 mkdir openmpi502 #創建一個名字為openmpi502的文件夾 l... Read More