ORCA 6.0.0安装与并行测试

基本镜像信息

ubuntu:22.04-py3.10-cuda12.1

安装流程

下载ORCA，我选择的是动态库版本：orca_6_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi416.tar.xz

下载对应的Open MPI，此例为4.1.6：openmpi-4.1.6.tar.bz2

安装sudo：

apt install sudo

安装gcc和gfortran：

sudo apt update
sudo apt install gcc
sudo apt install gfortran

新建一个文件夹，并解压、编译、安装Open MPI:

mkdir openmpi4.6.1
cd openmpi4.6.1 #假定你已经将openmpi-4.1.6.tar.bz2复制到这里
tar -xjvf openmpi-4.1.6.tar.bz2
./configure --prefix=/openmpi4.1.6 --disable-builtin-atomics
make all install

编辑~/.bashrc：

vi ~/.bashrc

粘贴以下内容并保存：

export PATH=$PATH:/openmpi4.1.6/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/openmpi4.1.6/lib
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

编辑hostfile，注意如果你编译Open MPI的机子与实际计算的机子核心数不同，请在测试可以并行计算后自行修改 /openmpi4.1.6/etc/目录下的openmpi-default-hostfile:

echo "localhost slots=$(cat /proc/cpuinfo | grep 'processor' | sort -u | wc -l)" >> /openmpi4.1.6/etc/openmpi-default-hostfile

解压下载的ORCA包，并写入~/.bashrc:

mkdir orca600
cd orca600 #假定你已经将orca_6_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi416.tar.xz复制到这里
tar -xf orca_6_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi416.tar.xz
vi ~/.bashrc

粘贴以下内容并保存：

export PATH=$PATH:/orca600/orca_6_0_0_shared_openmpi416
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/orca600/orca_6_0_0_shared_openmpi416
alias orca='/orca600/orca_6_0_0_shared_openmpi416/orca'

测试能否正常并行计算（四核心并行）

vi test.inp

复制粘贴以下内容

! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
* xyz 0 1
 C                 -2.30500585    0.80908031    0.00000000
 C                 -0.90984585    0.80908031    0.00000000
 C                 -0.21230785    2.01683131    0.00000000
 C                 -0.90996185    3.22534031   -0.00119900
 C                 -2.30478685    3.22526231   -0.00167800
 C                 -3.00238785    2.01705631   -0.00068200
 H                 -2.85476485   -0.14323669    0.00045000
 H                 -0.36033785   -0.14343269    0.00131500
 H                  0.88737215    2.01691131    0.00063400
 H                 -0.35976185    4.17748331   -0.00125800
 H                 -2.85490885    4.17754331   -0.00263100
 H                 -4.10199185    2.01723931   -0.00086200
*

保存并退出后使用以下命令进行测试：

orca test.inp > test.out

命令行输入top命令，可以看到有四个CPU占用较大的ORCA任务即为并行成功

常用的作业提交命令

/orca600/orca_6_0_0_shared_openmpi416/orca <input_file> > <input_file>.out